처우개선 요구와 비정규직 차별에 대한 분노는 대규모 조합가입과 투쟁으로 이어졌다. 대표적 차별적 수당 중 하나인 급식비에 대해 밥값마저 차별당하고 있다는 사실에 조합원들은 분노했다. 부산과 경기지부의 교육청 앞 지도부 집단삭발, 10월 25일 서울역 앞 학교비정규직노동자대회 지도부 34명 집단삭발 등 강도 높은 투쟁들이 이어졌다.

기역별 천막농성과 108배, 교육청 앞 피케팅 등 간부들의 선도적인 투쟁이 이어졌다. 높은 투쟁기세로 교육청을 압박하여 강원과 경기 등 5개 교육청은 급식비 8만원 지급 등의 수정안 제시로 승리하였고, 다른 지역의 승리소식에 더욱 뜨거워진 열기로 1만여 명의 총파업이 성사되었다.

2016년 임금교섭은 전 지역 상여금 신설을 목표로 달려 나갔다. 학교비정규직노동자들의 차별적 수당 중 하나인 상여금과 방학 중 비근무자의 생계대책 문제 해결을 위해 6개 지역 총파업 투쟁과 11개 지부 총궐기 압박을 진행했다. 여기서 2만여 명의 조합원이 참가하여 역대 최고의 투쟁으로 기록되었다. 그 결과 전 지역 상여금 신설을 이뤄냈다.

2013년 박근혜정권 초기부터 퇴진투쟁에 가장 앞에 있던 노동조합은 2015년 민중총궐기로 민주노총의 핵심 투쟁부대임을 세상에 알리고 백남기 농민 투쟁까지 적극적으로 퇴진투쟁에 참여하였다. 11월 12일 민중총궐기는 1만여 명의 조합원들이 참가해 세상을 바꾸는 투쟁의 선두에 섰으며 박근혜 퇴진 구호를 건 대형 현수막 상징의식과 애드벌룬은 국내외 언론에 학비노조의 위상을 알렸다.

학교비정규직의 무기계약 전환 부진, 최저임금 1만원 산입범위 개악, 직무등급제 도입 발표 등 문재인정부의 약속과 다른 비정규직 대책에 6월 30일 학교비정규직노동자 총궐기대회를 개최하였다. 학비노조에게 역사적 장소인 서울시청광장에서 1만 조합원들은 투쟁의 결의를 다졌다.

2년차 집단교섭이 시작되었으나 교육부는 집단교섭에 불참했고 전국시도교육감들은 교섭파행을 이끌었다. 노동조합은 총파업을 예고하며 11월 10일 집중상경투쟁을 조직했고 1만의 조합원이 광화문 사거리를 가득 매웠다. 11월 12일 교섭대표교육청인 부산교육청의 적극적 교섭을 촉구하며 무기한 농성에 돌입했고 불성실한 교섭 태도로 100여 명이 넘는 간부들이 집단으로 농성을 진행했다. 그 결과 어려운 상황에서도 근속수당과 상여금 인상을 쟁취해냈다.